Добрый день. По вашему описанию я не до конца понимаю какой именно фильтр вы используете, про диалог тоже не понятно - какой из возможных диалогов ПО T-Flex вы имеете в виду.
Предварительно могу сказать, что ваша проблема похоже имеет природу неправильного определения собития, при котором данные считываются с диалога и изменются в отчете. Используйте BeforePrining. Т.е. данные он успевает поменять, но только после вывода их в отчете, поэтому изменения сразу не видны.
Если это не выход, то опишите проблему лучше со скриншотами.

Вторую картинку дозагрузите.
Использование событий - это в настройках шаблона. Не ваш случай.

Явно проблема заключается в том, что фильтр отчета не успевает сработать до того, как отображается сам отчет (скорее всего системная ошибка).
Два выхода:
1. Повесить вывод отчета на кнопку, применять фильтр и выводить отчет через API DOCs (как это показано в примерах API). Если будут сложности обращайтесь. Попробую помочь в свободное время - alexfadser@mail.ru. Письмо должно быть с пометкой "Из форума T-Flex", иначе буду игнорировать.
2. Обратиться в техподдержку ТопСистем и ждать исправления.